Premier

Ante todo lo que me cuestas esta incompleto, no me dices si el video es captura de cámara DV o de donde, a que resolución trabajas, etc... dame más datos para poder echarte una mano.
En tema 3D no estoy puesto.

Primero que nada debes checar con que codec o que salida le estas dando a tu video yo te recomiendo que uses el adobe media encoder y busques en sus opciones (que hay muchas) la opción de salida a calidad de DVD que es la máxima o puedes probar con el premiere 2.0 que ya cuenta con formato HD o alta definición y es muy bueno, y para lo que dices del 3d cuando le das importar a una archivo desde premier si es secuencia de imágenes abre tu ventana de importación y buscas tus imágenes ahora seleccionas la primera esta debe tener el nombre de tu imagen y unos números regularmente inicia con el 000 seleccionas esa primera y después en la parte de abajo viene una ventanita que dice import image sequence esto va a hacer que todas las imágenes que tengan una continuidad es decir imagen000, imagen001 imagen002 y así se van a importar como un archivo como si fuera de video simplemente ya lo arrastras y puedes ver que es un video hecho de todas la secuencia de imágenes

Para exportar en calidad aceptable tienes que setear el video en microsoft DV PAL. Así lo exportas y también depende de como capturas yo capturaría y todo con ese codec.
Exporta los avis de 3d max también en microsoft dv pal y los importas seleccionando todos los archivos y después a editar en el timeline. SI quieres tirar en el timeline en orden sleccionas todas en premiere con el orden que quieres y las tiras al timeline
Suerte
Cerra la pregunta
Marcellus