Instalador en .Net

¿Ya tienes terminada tu aplicación? Lo que preguntas la verdad no creo que en vb.net sea factible hacerlo de esa manera. Y para eso tendrías que usar otro software que cree instaladores y que sea más completo y te de la opción de hacer lo que quieres, ya que el instalador de vb.net no ofrece esas opciones.
Si no has terminado tu aplicación, otra cosa que puedes hacer es que tu aplicación sea multilingüe y crear una tabla en la base de datos en donde guardes los idiomas que quieres junto con un estado, crear el instalador como lo hiciste y al momento de que el usuario habrá la aplicación vas a esa tabla a verificar cual es el idioma que esta activo y mostrar de esa manera la aplicación en ese idioma. Si no hay ningún idioma activo, Entonces mostrar una ventana en donde el usuario elija el idioma en que quiere la aplicación y en la tabla de idiomas cambiar a activo el estado del idioma que el usuario haya elegido y así cada vez que el usuario entre a la aplicación se le mostrara con el idioma elegido por el.

Tus opciones me parecen ambas muy buenas.
Mientras trabajo en mi aplicación multilingue, quizás puedas darme el nombre de un programa para hacer instaladores que me pueda servir. Te agradecería muchísimo.