Replicación con java

No se si estás familiarizado con JDBC, que es el API de Java para acceder a bases de datos. Normalmente se usa para hacer consultas y actualizaciones, pero también se puede usar para obtener la estructura de la base de datos, a través de los "meta datos". En esta página viene un ejemplo de cómo obtener las tablas de una base de datos. Los pasos que deberías seguir son los siguientes:
1) Obtener la estructura de la base de datos (tablas, columnas)
2) Crear la réplica de la estructura de la base de datos (este link te servirá)
3) Recuperar los datos de todas las tablas origen e insertarlos en las tablas de la nueva base de datos.
4) Esto es para nota: obtener las constraints de las tablas originales (not null, foreign keys, etc) y activarlas en las tablas destino. Este link te puede orientar ligeramente
Es un trabajo difícil, pero seguro que vas a aprender un montón con ello. Si te atascas en algún punto no dudes en consultarme.

Mmm bueno primero investiga como se genera una conexión a una base de datos, externa, y después de investigar eso, lo que debes de hacer es probar la conexión, finalmente, cuando tienes la conexión lo que tienes que hacer era pruebas y al finalizar las pruebas ya puedes empezar a programar, y recuerda que aquí estamos para ayudarte.
Saludos cualquier duda comenta nuevamente!
Saludos !
http://www.chuidiang.com/java/mysql/EjemploJava.php
http://www.chuidiang.com/java/mysql/mysql-java-basico.php
Bueno te deje unos links.