Como saber en que botón estoy posicionado

¿Qué tal si antes de agregar el control al LayoutPanel guardas la referencia a ese objecto en un array? Puedes ponerle por ejemplo de 50 elementos aunque no los uses todos o si quieres ser exacto puedes usar una lista enlazada. Aunque la verdad yo lo haría con un array, es más rapido y si quieres insertar por ejemplo uno al principio, solo corres los demás elementos una ubicación, borras los controles del panel y luego con un for los vuelves a insertar desde el array
ahora para esto de saber cual botón presionaste yo lo que haría seria una nueva clase que herede de la clase button, por ejemplo seria la clase ButtonX y agregarle a esa clase los métodos que necesites identificados con un correlativo (1,2,3,4) de modo que sirva de indice y luego añadirle una propiedad a la clase, por ejemplo la propiedes "metod" como entero. Luego al panel ya no ayades objetos de tipo Button sino añades objetos de tipo ButtonX de modo que antes de insertarlos al panel y al array establezcas el valor para la propiedad "method" que sera lo que se ejecute cuando le hagas click.
Ojo que tienes que en la clase ButtonX tienes que indicar que lo que se ejecutara estará en función del valor de la propiedad method. Podría ser un select case, si es 1 muestra un mensaje, si es dos cierra el formulario, si es 3 realiza una suma etc.

En mi opinión, lo que tienes que hacer es castear la variable sender que se suele enviar para los eventos click para comprobar que botón es el que pulsó.
En la firma de la función pondría
Public Function AgregarBoton(ByRef FlowPrincipal As FlowLayoutPanel, object sender) As Boolean
...
(Y comprobarlo de esta manera)
if (sender is Button)
{
     messagebox.show ((Button)sender).Name;
}

Coloca un parámetro en el evento, este parámetro de tipo object y envías el botón como tal, o copia la firma de un evento click de un botón normal

El problema es que AddressOf no acepta el parámetros...
AddHandler Boton.Click, AddressOf EventoClick (No acepta parametros)
_
Public Sub EventoClick()
Msgbox("hola")
End Sub
Si lo único que quiero que a través del "EventoClick", conozca en que botón realize click.
Ojala que me ayudes... gracias..

Claro!
Porque el procedimiento que ejecuta el delegado no lo has definido con parámetros:
Public Sub EventoClick(byval sender as object)
Msgbox("hola")
End Sub

Los botones son como una clases de botones
Mismo nombre pero distinto indice ¿?
Entonces cuando haces click, el botón debe tener asignado un numero de control
Y ese es el que tienes que obtener

Pero mi problemas es como obtener ese indice... no se me ocurre...

Insertá un modulo y declará una variable global, y al principio del procedimiento click de cada botón ponele algo que lo identifique, si presionas el botón agregar usuario que la variable global te guarde el 1 por ejemplo, entonces para validarlo utilizas un case o if para darle la atención especial que tu dices.