Deberás de tener dos particiones primarias creadas en el disco duro, cambiarla a activa y comenzar a instalar el nt. De todas formas, te puede dar problemas porque el nt no es capaz de arrancar más allá de los 4gb u 8gb de disco, o sea, que si la partición de windows 2000 ocupa más de ocho gigas, creo que te va a dar problemas.