Error CGI

Lo siento pero no se de programación en HTML, ¿pero has probado ha actualizar tu Windows en Windows Update? ¿O buscar en Microsoft en google algo sobre el tema? ¿Quizás haya un parche?
Siento no poder ayudarte...

HTTP no es lo mismo que HTML
HTTP es el protocolo nada más

Uy,
La Verdad no soy muy bueno para desarrollos, lo que te puedo recomendar es que revises que tengas todas las actualizacionde de Win server 2003.
Otra cosa es que revises la compatibilidad de idiomas, quizá uno este en español y otro en ingles.
Suerte y mil disculpas.

Es muy extraño, no tengo experiencia con IIS6, pero en teoría si hay un nuevo standard siempre lo anterior es válido.
Puede ser que haya algo que no lo tengas bien configurado, ¿has probado sacarle el Meta?
Éxitos!

La verdad es que no estoy demasiado puesto en ese tema, pero puedo decirte que el standard ha cambiado del 2000 server al 2003, supongo que tendrás que ver la manera de adaptar el código para que este funcione en el nuevo servidor. No es una gran ayuda, pero bueno, tampoco se puede saber todo :P

Pues la verdad es que lo raro es que suceda a veces...
Pero puede ser que a veces según la respuesta del CGI cumpla las normas de los headers y otras no... según como esté programado...
Para ello verifica el apartado de CGI Scripts Return Error
http://www.microsoft.com/resources/documentation/windowsnt/4/server/reskit/en-us/inet/trouble.mspx
Mira el estándard en:
For more information about these headers, see the HTTP and CGI protocol draft specifications at http://www.w3.org.
Y verifica que tu CGI lo cumpla siempre...
Es una posibilidad, la verdad es que con los datos que me has pasado es un poco difícil saber si es tu problema, aunque seguro que va por ahí...
El que no pasase en IIS5 con W2000 es porque cada web server está desarrollado de una manera, y depende de si antes verificaba el cumplimiento de ciertos estándards o no...
Es importante que verifiques también que los CGIs no se guarden en caché del navegador...
Mira este link, aunque sea para IIS5, verifícalo en IIS6:
http://www.microsoft.com/technet/community/columns/insider/iisi0603.mspx
(APARTADO How to Make HTTP Headers for All Content to)

Perdoname pero no te puedo ayudar en este tema

En la computación no hay lógica, lo que funciona para unos sistemas operativos no lo hace en otros. Te recomiendo que trabajes en IIS5 Server 2000 y si no es muy importante no uses el Server 2003. También pudieras tener problemas con el sistema operativo que estás usando, de allí que falla unas veces y otras no. Reinstala el sistema, si es posible formateando el disco y grabando todo, ya que cuándo se instala uno sobre los problemas continúan. Recibe un saludo y si necesitas algo más siempre estaré por aquí para ayudarte con muchísimo gusto.

Lo siento pero desconozco del tema de programación.

Lamentablemente no puedo ver el código en su totalidad y de este modo no consigo saber si existe algún error en la escritura del mismo.
De todos modos yo te aconsejaría darle a la cuenta IUSR_computername acceso de lectura al directorio %systemroot%/system32 que creo que en windows server seria WTSRV/system32 o en NT winnt/system32.
La razón de esto es que ejecute el acceso al directorio OvCgi.
La cuenta debe tener acceso de lectura a los apropiados archivos .DLL .
Como ultima cosa nunca te olvides de instalar los service packs de windows ya que a veces la falla en la programación de los programas provoca conflictos y errores entre los mismos.
Espero haberte ayudado, no dudes en consultarme todas las veces que lo necesites.

Tienes razón que puede haber un nuevo estándar, pero yo no creo que esa sea la causa del problema ya que los nuevos estándares deben tener compatibilidad con los anteriores.
Dices que es un error esporádico que ocurre en ocasiones, eso me da que pensar y la respuesta no es fácil, habría que estudiar bien en que circunstancias ocurre el fallo, pero de principio podría tratarse de un simple error de lectura en el disco duro, realiza un scandisk y comprueba que no tienes clusters dañados (a ser posible con alguna herramienta de comprobación de la marca de tu disco duro).
Lo peor de los problemas ocasionales es dar con la solución, ya que puede ser debido a muchas causas y es difícil dar con el.

Puedo deberse a un error debido a un virus.? No puedo ayudarte mucho sobre este problema. Finaliza la pregunta por favor. YHo intentaría instalarlo todo de nuevo