Dos discos duros dos sistemas para cada uno

En principio no hay en absoluto ningún problema. Te explico como hacerlo.
Parto de la base de que tienes W98 instalado en un disco duro (en C:). (Si no fuera así coméntamelo y partiríamos desde cero).
Pones el CD de XP en la unidad de CDRom, se ejecutará automáticamente y saldrá una pantalla en que la primera acción es "Instalar Windows XP". (Si no se ejecutara automáticamente ves a Mi PC, unidad de CD, abrir y pulsa en el icono de ejecución.
El programa de instalación lo primero que te preguntará es ¿Qué es lo que desea hacer?, con dos opciones "Actualizar (recomendada)" y "Nueva instalación". Pones la segunda (aunque no la recomiende :). Sigues y lo segundo que te preguntará es la ruta, el "dónde" quieres instalar el XP. Bien, pues indícale el otro HD, o sea el D.
(Si hay algún paso superfluo que me salto no tiene ninguna importancia, son contestaciones lógicas y te estoy hablando de memoria aunque esta operación la hago día sí día no :)
El instalador te preguntará si deseas que analice el equipo. Dile que sí, aunque no es necesario la opción "informe completo".
Bien, sigues los pasos y acabará la instalación.
Cuando arranques el sistema te aparecerá una pantalla por defecto (negra) con dos opciones: Arrancar WXP o Arrancar W98. Por defecto si no cambias a la segunda en 20 segundos arrancará la primera opción. (Esto más adelante lo puedes cambiar tanto en los segundos como en que te salga o no la pantalla. (Si más adelante tienes alguna duda me lo comentas que lo solucionaremos enseguida.)
Sobre conflictos.
Yo no me he encontrado ningún conflicto a no ser de alguna "grave incompatibilidad". Por ejemplo un dispositivo que causa problemas es cualquier capturadora de la marca Avermedia. A parte de eso... lo he instalado en docenas de pcs.. y casi siempre todo sin problemas. Otra cosa. Si en el informe de problemas de Hardware aparece algún dispositivo, (tanto hard como software) realiza la instalación igual, simplemente toma nota de lo que te dice para de haber problemas solucionarlo posteriormente.
Como todo no es perfecto cada máquina con su configuración y su software puede tener algún problemilla, pero eso ocurre en todos los sistemas operativos. Personalmente te aconsejo el XP, creo que es con diferencia lo mejor que ha sacado Microsoft.
Si tienes en el futuro dudas o algún problema coméntamelo: En principio creo que en estos 2 años de XP los he solucionado todos. (Aunque paradójicamente, en mi máquina nueva y brutal que funciona con más de 100 programas tengo un problema con Phtotoshop y llevo días intentándolo solucionar y no puedo :) "En casa de herrero cuchillo de palo" :)
Un saludo
Marcos
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No tendrá mayor problema siempre que instales primero WINDOWS 98 en el disco C:\ y al final instales WINDOWS XP en el otro. De este modo el gestor de arranque del XP se hará cargo del inicio del sistema y te saldrá un menú para que escojas el 98 ó XP para arrancar.
La prioridad y el tiempo del menú, lo configuras en MI PC con el derecho del mouse, pestaña OPCIONES AVANZADAS y en INICIO Y RECUPERACIÓN pulsando el botón de CONFIGURACIÓN. Suerte