Difícilmente sea el windows sea la version que sea ya que no es algo que le haya pasado a mucha gente y normalmente he visto casos parecidos solo con comportamientos de Virus.
Igual te digo que el Windows ME es de los más flojos que ha sacado Microsoft y si tu equipo es bastante rapido y tiene por lo menos 128 Mb te recomiendo sinceramente el Windows XP que funciona mucho pero mucho mejor.
Igual no te lo digo para solucionar esto cambiando de windows que la idea no es esquivar la solución así que vamos a probar algo.
No se que tan seguido te ocurre eso para ver si puedes darte cuenta de la diferencia pero prueba a entrar en modo a prueba de fallos (o modo seguro no recuerdo en esa version de windows como se llama)
Esto es pulsando F8 al inicio del equipo antes que aparezca la pantalla de colores con el logo de microsoft. Ahí tiene que aparecer un menu y seleccionas este modo.
Ahí entramos a windows en un modo en el que no se carga prácticamente ningún controlador y ninguno de los programas del inicio.
Prueba a hacer algo por un rato abriendo algún programa y trabajando un poco a ver si el problema sigue estando. No podrás entrar a internet ya que en este modo esta deshabilitado ni jugar a muchos de los juegos ya que el driver de video no estará cargado (ya te darás cuenta por lo feo que se ve la pantalla solo con 256 colores en 640x480 que es el driver vga genérico que carga)
Si así no tienes problemas entonces vamos a buscar por el lado del virus o quizás del driver del mouse que este cargado en windows.
Si tu antivirus está actualizado aprovecha a correrlo en este modo y si puedes también corre los programas:
SpyBot S&D
http://www.safer-networking.org/index.php?page=downloady Trojan Remover
http://www.simplysup.com/tremover/download.htmlTendrás que bajarlos de internet antes de entrar en el modo a prueba de fallos.
Con estos y el antivirus veremos si tienes algún virus o Spyware en el sistema que te este complicando la vida.
Después cuéntame como te fue así te sigo ayudando
Suerte