Problemas con la instalación de programas en ubuntu

Hola amigo tengo un problema en la instalación de programas en ubuntu 9.04 intentare explicar lo más corto posible para no aburrirte.
Lo que pasa que estaba instalando java y al parecer tuve un problema con la instalación de java.doc entonces de ahí en adelante cuando intento instalar cualquier programa me manda un error con una pantalla negra como la de termianl en donde me dice que hubo problemas con ese archivo e incluso me da la dirección de java me imagino para deascargar lo que falta y reperarlo lo que pasa que soy demasiado nuevo en linux y no se cual es el protocolo para la instalación de programas sin los extraordinarios repositorios así que si me pudieras indicar cual es el error ahí de porque no me dja usar los repositorios y como le hago pa repararlo muchas gracias por la atención desde El salvador att Rudy