Dudas con instalación

Hola, tengo varias dudas, a ver si me las puedes solucionar, gracias:
Lo primero es que tengo dos discos duros, uno de 40 y otro de 80 (este ultimo recién comprado y sin colocar)
tengo el xp en el de 40, y ahora lo que quiero hacer es instalar el w98 en este y el xp en el de 80.
Entonces, ¿cómo hago para instalar el w98? Porque tengo en este momento el hdd en ntfs, ¿pasa a fat 32 al instalar w98 automáticamente? Ademas no tengo disco de arranque, pero el cd de instalación esta con autoarranque (autorun), entiendo que así debería de arrancar sin el diskette.
Por otro lado me imagino que el w98 me dejara seleccionar donde lo quiero instalar ¿no?
Ahora, con el disco de 80 recién colocado, me imagino que con el cd del xp también con autorun no tendré problemas, y me arrancara como siempre
(Ya lo hice una vez para el xp)