Dos sistemas operativos

Hola Khepper, el motivo de mi pregunta es el siguiente: tengo dos discos duros en mi ordenador, en uno tengo cargado windows 98 con el formato de archivos FAT32 y en el otro tengo windows 2000 (NTSC), lo que quisiera saber es si con una aplicación como partition magic, que en principio permite cambiar el sistema de archivos de NTSC a FAT32, sería posible realizar esta conversión sin perder nada de lo que tengo en el disco con windows 2000 o si por el contrario perdería todos mis datos en la conversión. El motivo de querer realizar esta conversión es que arrancando desde el disco con windows 2000 si puedo acceder a los archivos que están en el disco con windows 98, pero al contrario no, simplemente porque no reconoce el disco. Muchas gracias de antemano.
Un saludo
David López González