Un cambio de sistema de archivos que acabó fatal...

Me estreno en esta comunidad.
Ahí va mi problema, que no se si tendrá solución;
Tengo un Disco duro externo de 335 GB, antes de suceder eso tenia 156 GB ocupados. Pues bien, quise cambiarle es sistema de archivos, de FAT32 a NTFS, me informé por internet y descubrí el maldito Partition Magic. Todo correcto hasta que pasaron 4 horas de reloj en el proceso y aun iba por el 0%. Entonces supe que iba mal.
Le di a cancelar, y se colgó el ordenador. Desesperado apagué el PC y volví a encenderlo. Yo, ignorante de lo que había hecho, entre el MI PC, en el HDD aun estaban los 156 GB ocupados, entonces le di doble click y adentro me decía que esa carpeta esta vacía.
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Preocupado, le pasé el Chkdsk /f al disco duro, me decía que no podía por que otras aplicaciones lo estaban usando, le di que si que desmontase el disco para que estuviese disponible, y comenzó el porcentaje. Pero no tardó mucho a sorprenderme, pues me decía que había encontrado cadenas perdidas y me preguntaba si las quería convertir en archivos. La primera vez, le dije que sí, pero siempre me decía que no había espacio suficiente y no hacia nada; cuando ya llevaba intentándolo varias veces, puse que no y se completó, pero nada. Lo volví hacer esta vez con chkdsk /r, que es un escaneo más completo y le dije que no quería convertir esas cadenas en archivos y se completo resolviendo problemas.
En ese momento me dije, ya está. Pero sin embargo no era así, entre a MI PC y, no sólo me habían bajado esos 156 GB a 88'2 GB (actuales), sino que adentro me decía igualmente que la carpeta esta vacía.
¿Ahora qué hago?
Gracias por leer todo este rollo y si me pudierais ayudar, ya no recuperar todos los archivos, con solo una parte y que pudiera pasarlo finalmente a NTFS ya estaría contento.
Manos a la obra, EXPERTOS!?