Windons7

Si reinstalas de nuevo tu windows suele darte la opción de elegir la partición a formatear o solo reinstalar o reparar, con lo cual puedes decirle que partición darle para que la use el windows(te recomiendo que siempre sea en C:).
También decirte que a veces usar programas que no son del propio microsoft para particionar el disco a veces suelen dar problemas a la hora de intentar reinstalar o recuperar el windows, te lo digo por los problemas que yo tuve con ese tema a veces al tener particionado un disco con partition magic o programas similares.

Sinceramente tampoco sabría que contestarte. Teóricamente es una partición oculta del sistema, y ocupa un poco más que los datos que almacena. En teoría no debería pasar nada. De echo, sin necesidad del partition Magic, con el propio windows 7 puedes hacerlo.
Lo que pienso es que si lo que modificas es la partición principal, la de recuperación queda intacta. Por lo tanto no debe pasar nada. Si no funcionase (debes probarlo antes de meter ningún dato en la partición nueva), pues vuelves a unir las dos particiones y ya está.
Para editar las particiones tienes que ir al panel de control. Donde pone "ver por" seleciiona iconos grandes (o pequeños). Ahora le das a Herramientas administrativas, y dentro de esto a administración de equipos. Ahora en la columna de la derecha te pones en "administración de discos, y te aparecerán las unidades de tu disco duro. Si te pones en la partición de Windows y le das al botón de la derecha, puedes reducir el tamaño, y luego con el que sobra creas la nueva partición.
Seguramente el equipo te da una opción de crear discos de recuperación. Antes de nada crea estos discos, por si acaso... suelen ocupar 2 DVDs

Respeta la partición y te pregunta que partición quieres formatear no te afecta en lo más mínimo.
Disculpa por la tardanza :D