Falta ntldr

NTLDR es el NT Loader, es decir, el programa que se encarga de cargar el núcleo del sistema operativo.
Es verdaderamente extraño que, una vez formateado el disco con NTFS (me imagino que con el método normal, no el rápido) e iniciando una instalación limpia, luego al reiniciar te ponga ese mensaje.
En principio no tiene nada que ver la conversión a FAT que hiciste anteriormente, ya que me comentas que has formateado a NTFS durante la instalación, así que no afecta.
Al ser un tema tan extraño se me ocurren dos soluciones:
1- Pasa un buen antivirus, porque tiene pinta de ser un virus. Lo ideal es que crees un disco de inicio de un antivirus con firmas recientes desde otro ordenador, e inicies tu sistema con él.
2- Inicia con el CD de instalación, y elige que quieres entrar en modo de reparar. Esto te iniciará una sesión en tu instalación de Windows, y te cargará la consola de recuperación.
Aquí puedes hacer 3 cosas (prueba con la siguiente si no funciona la anterior):
2.1- Reparar la configuración del boot con "bootcfg /add"
2.2- Escribir un nuevo sector de inicio en la partición con "fixboot <unidad>" (por ejemplo fixboot c:)
2.3- Reparar la MBR con "fixmbr <dispositivo>" (por ejemplo fixmbr \Device\HardDisk0).
Puedes obtener una lista de dispositivos, particiones, etc... con el comando map.
Si no consigues nada, se trataría de un problema muy extraño, que podría derivarse de una avería en los primeros sectores del disco duro.

Bien, gracias por responder, pero quisiera que me aclararas lo del bootcfg /add, hay me pide cargar algo que no entiendo.
En el punto 2.2 fixboot c: no lo entiendo muy bien, y el tercero ya lo he hecho y no consigo nada.
Decirte también que tengo otro disco duro 30 gb.
Podría ser una solución si falla esta instalar el so en el otro, muchas gracias, y perdona que insista pues como te habrás dado cuenta no tenga mucha idea.

No creo que sea un virus, tenía instalado y actualizado el panda original ademas he chequeado el ordenador.