Problemas con windows xp

Hola, a ver si me puedes ayudar, normalmente utilizo el ordenador para bajarme películas con el emule, arranco el ordenador, abro el emule y lo dejo descargando cosas, cuando pasa un tiempo prudencian de no más de 5 minutos en los cuales no toco el ordenador, el disco duro empieza a trabajar por su cuenta haciendo no se que, se me ralentiza todo como un 95%, ¿a qué puede ser debido? He mirado si tengo spyware, virus, troyanos, y no me aparece nada, el caso es que si trabajo mientras tanto no se bloquea.
Aunque no ejecute el emule se me bloquea igual, así que eso lo podemos descartar.
¿Sabes qué puede ser?