Boot de arranque

Pues la verdad es que a mi nunca me ha gustado tener un sistema dual en mi equipo, porque a la larga siempre terminan dando problemas, pero para este tipos de sistemas, hay que tener en cuenta, que se recomienda instalar el último sistema o más moderno sobre el más antiguo, aunque sea versiones diferentes, y aunque estén en distintas particiones.
Todo depende del sistema que tengas instalado en la partición principal, es decir con la que arranca el ordenador por defecto (la unidad C:), de ella se cargará la información del menú de arranque, este menú se crea cuando, como es tu caso, tienes instalado ya un sistema operativo en la unidad C: e intentas instalar otro, te da varias posibilidades, una de ella es instalarlo en una partición diferente, pero aún así necesita crear en C: el famoso menú de arranque dual, desde el que luego puedes llamar al otro sistema operativo.
No estoy muy seguro de ello, pero posiblemente si instalas el sistema en C: el menú se te creará de nuevo cuando intentes instalar otro sistema, como no se cual tenías en C (que seguramente sea Windows ME), intenta reinstalar el otro sistema, y si no quieres, prueba a iniciar el ordenador desde el cdrom de dicho sistema, y échalo un vistazo, porque normalmente viene con una serie de utilidades de reparación, instalación, etc.
No puedo ayudarte más, porque la verdad nunca me ha pasado esto.