W2000 y w98 en el mismo pc

Se puede instalar win2000 y win98 en la misma partición pero no es en absoluto recomendable ya que se mezclan cosas de los dos sistemas y a la larga tendrás problemas. La manera correcta de instalar dos sistemas operativos en un disco duro es haciendo particiones para cada uno de ellos, aparte de las que quieras hacer a mayores.
Para particionar el disco duro tienes dos opciones principalmente. Una de ellas es hacerlo desde el propio cd de instalación de win2000, el cual te permite crear y formatear una partición pero así perderás los datos del disco duro. La otra opción es utilizar algún software especial para ello, como por ejemplo Partition Magic. Este programa te permite crear particiones sin perder los datos del disco duro pero OJO tienes que saber utilizarlo muy bien porque si no puedes perder también todo lo que tengas ahora. Desde luego, lo más sencillo sería poder salvar los datos del disco duro, crear las particiones nuevas, por ejemplo 3 de 10 Gb (win98, win2000 y datos) y luego instalar los dos sistemas operativos.
Al instalar win98 y win2000, este último automáticamente instala un menú de arranque que te deja elegir entre los dos sistemas operativos. Pero tal como lo tienes ahora es más complicado ya que lo básico es tener instalado win98 en la primera partición (C:\) y win2000 en otra cualquiera para que detecte a win98 y pueda crear el menú de arranque. Al tener ahora win2000 si instalas win98 te modificará el arranque y solo podrás iniciar en win98, luego tendrás que meter el CD de instalación de win2000 y seleccionar la opción reparar para que pueda crear el menú de inicio. Pero aún así tendrás win98 instalado en la partición D:
Resumiendo, si puedes salvar datos y borrar todo el disco para crear las particiones y a partir de ahí instalar los dos sistemas por orden lo tendrás todo mejor configurado y no te resultará tan pesado hacer los pasos anteriores.