Reiniciar el servidor.

Efectivamente. Si entras en Herramientas administativas, tienes la opción qué necesitas. La manera en que ésto funciona es abrir una sesión de consoló y definir la tarea de apagado. Debido a qué es un poco largo de explicar, te recomiendo que leas la documentación qué aparece en ésta página:
http://www.microsoft.com/windows2000/es/server/help/default.asp?url=/windows2000/es/server/help/cpanel_admintools.htm

Si que existen ciertas formas de reiniciar un servidor de forma programada. La más habitual es que te crees una tarea programada que ejecute: shutdown /L /R /Y /C y ya lo programas cuando quieras. Para que esto te funcione debe de existir el fichero shutdown.exe en tu servidor, de lo contrario tienes que descargártelo, es gratuito y lo encontrarás fácilmente.