Migrar Windows server 2003 a Windows server 2008

Es en teoría fácil...
Montas el 2008 y lo promueves con DCPROMO, le indicas que es para un dominio ya existente y le das el nombre de tu dominio actual, de esa manera se promoverá como un controlador adicional de dominio.
Luego en tu 2003 utilizas también DCPROMO, como ya esta instalado el AD servirá para desintalarlo y le indicas que NO es el ultimo servidor de dominio y de esa manera migrara todos los roles al servidor adicional (el 2008 en este caso), una vez despromivido el 2003 el 2008 quedara con todos los roles y como el controlador de dominio.
Debes tener cuidado con servicios adicionales que tengas en el 2003 (DHCP, WINS, DFS), porque esos debes instalarlos y configurarlos manualmente en el nuevo servidor controlodar de dominio 2008.

Gracias amigo por tu ayuda solo necesito un aclaración el nuevo servidor lo meto a la red, como una maquina normal estando en la red empiezo con el DCPROMO no se si es así, yo he configurado servidores pero es primera vez que haré una migración, ¿otra pregunta amigo existe una forma de importar el active directory de 2003 y después exportarlo a 2008 sin estar conectados en red?

Si señor... simplemente lo unes al dominio como una maquina más y luego el DCPROMO. Debes tener en cuenta que debes ejecutar un comando: adprep /domainprep
para preparar el dominio de 2003 para recibir un servidor de 2008
Puedes consultar una guía detallada en el siguiente link:
http://serversandservers.wordpress.com/2009/02/05/migrar-el-directorio-activo-de-microsoft-windows-2003-a-microsoft-windows-2008/
En cuanto a la copia del ActiveDirectory, creo que no se puede hacer pues las condiciones de los objetos en ambos ambientes son diferentes, pero la verdad es respuesta dictada por mi lógica pero no por conocimiento.

Muchas gracias por tu tiempo ya revise la guía y esta muy claro todos los procesos que tengo que hacer, solo una ultima pregunta y disculpa mi ignorancia, pero en esta migración solo se pasara cuentas de usuario y roles, ahora la pregunta es la siguiente : las carpetas de archivos que tengo compartidas, ¿bases datos de sistemas todo eso lo tendré que hacer manual?.
Gracias