Desinstalar...

Para no perder la información de la partición, sólo debes copiar lo que consideres necesario a la partición D:. Para realizar esto, debes abrir el Explorador de Windows y copiar los archivos a la partición C:. Ten en cuanta dos cosas: Primero, el espacio en la primera partición, y segundo, al copiar algunos programas, debes cerciorarte que tengan los instaladores (O setup), ya que al borrar Windows, el registro se va y se pierde el "Entendimiento" entre Windows y el programa.

Si, ok, entiendo. Instale Windows 98 en C: y después intente instalar el 2000, también en C: pero se instaló en D:. Lo que pasa es que quiero desinstalar Windows 2000 de la partición D: por que el espacio en los discos [C: y D:] están casi llenos y quiero liberar espacio en D:.

Quizá el formatear la unidad D: sea la solución más adecuada para ti. Si pudieras comprimir los archivos que deseas conservar, es probable que puedas llevarlos a la unidad C: sin ocupar mucho espacio en el disco. Al formatear, la partición quedará como nueva, y luego podrás retransferir los archivos que tenías a su posición Original.
Si el sistema de archivos de la partición D: es NTFS, el proceso se complica, ya que Windows 98 no puede reconocer este tipo de sistema de archivos. Si puedes visualizar la partición desde Windows 98, quiere decir que es FAT32 y por lo tanto es fácil poder formatear desde el mismo Windows.

Disculpa que vuelva a molestarte ryoga26... Mira, la partición en D: tiene 25 Gigas y ya casi esta lleno. La mayoría de los archivos que se encuentran en este disco no quiero eliminarlos y no los puedo pasar a C: por que esta partición es de 5 Gigas. ¿No existe alguna manera de dar un tipo de formato a D: solo desinstalando windows 2000 sin tocar los demás archivos? Si es asi, ¿Cómo le hago?

No es ninguna molestia, antes me agrada mucho que me tengas en cuenta.
Es difícil, pero no imposible. Al parecer no usas Windows 2000. Pero lo malo del asunto es que Windows 2000 al desinstalarlo sólo libera alrededor de 1 GB de disco. Debes revisar si quizá haya una desinstalación de Windows 2000 en la carpeta d:\Windows\system32\ en el archivo que se llama "Osunist". Si no puedes desinstalarlo, quiere decir que lo mejor que puedes hacer es pasar tus archivos a otro disco duro (de algún amigo que te pueda hacer el favor). Mientras formateas la partición D:. Luego vuelves a pasar tus archivos a tu disco. Tengo una pregunta: ¿De qué país eres? Lo pregunto porque soy de Colombia y si tu lo eres y vives en Bogotá, es posible que pueda hacerte el favor de todo esto personalmente.