Perdida de archivos

HOla buenas tardes, te cuento:
Supongo que por obra de un virus, se modifico el archivo boot.sys y no se niciaba windows, así que metí el cd y reinstale windows xp estaba la opción de formateo lento, el rapido y otro que era dejar la estructura de archivos intacta y cual ha sido mi sorpresa al ver que todas las carpetas están como estaban pero sin nada dentro, he perdido todos los archivos, ¿no hay ningún remedio? Muchas gracias de antemano!