Instalar programas en unidades diferentes a C:

Al hacerlo, todo el programa como tal queda en la nueva unidad (por ej D:) o, de todas maneras, ¿quedan ciertos archivos en C:/windows y similares? Pregunto porque quisiera dejar en C: escasamente el SO, así si tengo que formatear no tengo que reinstalar nuevamente todos los programas. ¿Qué otro consejo me brinda?
Nuevamente gracias por su interés y tiempo (yo le pregubté recientemente por lo del 2modo a prueba de fallos"