Me desaparece "Archivos de programa"

Ayer instalé Autocad 2007 en mi PC y no me funcionaba porque era una versión de prueba, así que lo desinstalé y traté de instalar Autocad 2005. El caso es que tampoco lo pude instalar y cuando reinicié el ordenador se me había desconfiguardo todo el escritorio. Más tarde me di cuenta que la carpeta "ARchivos de programa" estaba vacía. Supongo que tendrá algo que ver con un virus o algo así porque aparece en blanco y si miro el tamaño de la misma me dice que tiene 0 bytes. El caso es que si instalo nuevos programas los instala sin problema (como firefox o ccleaner) pero me han desaparecido todos los que tenía instalados. Si me voy al panel de control a desinstalar me dice que no encuentra la ruta para desinstalar porque entiende que no existen los archivos.