Vista Incrustada

Sí, para ver el margen de selección ( en html o en Notes) debes marcar un check de las propiedades de la vista ( ver margen de selección).
Una posible ACCIÓN que ejecute un agente con los documentos seleccionados como parámetro en LotusScript sería este:
Dim s As New NotesSession
Dim db As NotesDatabase
Set db = s.CurrentDatabase
Dim agent As NotesAgent
Set agent = db.GetAgent("(SOAPCall)")
Dim dc As NotesDocumentCollection
Set dc = db.UnprocessedDocuments
Dim doc As NotesDocument
Set doc = dc.GetFirstDocument
While Not doc Is Nothing
Print "Clearing Output Values for NoteID + (" + doc.NoteID + ")..."
doc.ReturnName = ""
doc.ReturnType = ""
doc.ReturnValue = ""
doc.FaultCode = ""
doc.FaultString = ""
doc.FaultActor = ""
Call doc.Save(True, False)
Print "Calling NotesAgent.Run(" + doc.NoteID + ")..."
If agent.Run(doc.NoteID) <> 0 Then Print "NotesAgent.Run(" + doc.NoteID + ") failed"
Set doc = dc.GetNextDocument(doc)
Wend
Print "Done"
Dim w As New NotesUIWorkspace
Call w.ViewRefresh
Vigila si es web ya que tienes que tener activado del documento del servidor "Usuarios que ejecutaran agentes web"
Y los agentes Web se ejecutan de una manera un poco diferente ya que no se comunican con el usuario, se ejecutan en servidor. Mirate la Ayuda del Designer "Web agents".

Ante todo gracias por tu rápida y extensa respuesta pero tengo un problema. Había detectado el check para que apareciese la columna de selección, pero aunque cuando marco el documento de la vista incrustada me aparece la típica marca de verificación y en la barra de estado aparece el mensaje "1,2 ... documentos seleccionados", cuando ejecuto el agente me aparece un mensaje que dice "El documento todavía no ha sido guardado", y en el log del agente me dice "Debe haber al menos un documento seleccionado", es decir aunque me aparezcan las "V" de verificación es como si no se seleccionasen los documentos.
Este mismo agente que te comento (que sólo cambia un campo de estado) funciona perfectamente si lo ejecuta sobre una vista en vez de una vista incrustada.
Un saludo y gracias