Autofiltro

Si conocés la contraseña, se puede por macro, quitarla, filtrar y volver a proteger.
Pero, me da la impresión que ese no es tu caso, entonces lo que podes hacer es utilizar filtros avanzados, que si se puede desde una hoja protegida.
Bueno, parcialmente. Si tenés los criterios en la hoja protegida, solo podes filtrar por esos criterios (digamos que serían criterios fijos) pero podes utilizar una hoja NO protegida para colocar los criterios.
Ejemplo:
3 columnas y quiero filtrar de esta manera: Col A > 0, Col B > 500, Col C <> ""
Entonces en cualquier hoja coloco en la fila 1 los mismos títulos de la hoja a filtrar, y en la fila 2 estos criterios.
Desde la hoja protegida, menú Datos, Filtros avanzados, se te seleccionará el rango y en criterios buscá la hoja y seleccioná las 2 filas. Al aplicar verás la tabla filtrada. Como los criterios están en una hoja no protegida, podes cambiarlos y nuevamente ir a Filtros avanzados. Ya verás que el rango está seleccionado, solo tenés que aceptar, o también seleccionar un rango menor o mayor y volver a aplicar.

Mientras tengas tu hoja protegida no podrán funcionar los autofiltros debido a que cuando utilizas esta opción lo que hace es que se mueven las celdas que tienes protegidas.
Te sugiero que desprotejas toda el área que compone tu movilidad en el filtro, esta opción la ejecutas sombreando el rango del autofiltro, eliges formato>celdas>protección y desactivas la celda "Bloqueada". El resto de la hoja quedará protegida.
Saludos y por favor, no olvides finalizar la pregunta.