Sistemas de archivos

Eso decirte que FAT (file allocation table, tabla de asignación de ficheros)es una lista que crea el sistema con la dirección de todos los archivosque existen en el disco duro. La fat se actualiza cada ves que se borra o se copia algo al disco duro.
Y FTA32 es lo mismo solo que con una version mejor te lo explico con un ejemplo:
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La unidad mínima de asigancion(cluster)es el espacio más pequeño que puede utilizar el disco duro para guardar información. Si el clusteres de 64KB, por ejemplo aunque un archivo contenga solo 2kb de información, ocupara esos 64kb por completo y con eso se pierde más espacio en el disco.
Entonces FAT 32 lo diferencia de FAT porque aprovecha mejor el espacio del disco duro, porque el tamaño del cluster es inferior.
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En conclusión si estas pensando en pasar de FAT a FAT 32 te recomiendo que lo hagas ya que aprovechas más espacio.
Aunque antes se decía que no todos los programas funcionaban con FAT32 pro ahora eso es ya historia.
Bueno eso es todo espero que te sirva de algo.