No puedo abrir unos programas

Hola que tal, quisiera saber si me puede colaborar con un problema que se me ha presentado con mi compu.
Instale varios programas de animación, instale el encarta, instale el office, y format factory. Y funcionaban bien pero cuando apague el computador y volvy a encenderlo, abre bien todo pero el office, format factory, y elencarta y otro programa no me abren, doy clic sobre el icono, yes como si diera clic, en una parte sola del escritorio.
Formatee el disco e instale nuevamente todos los programas, y me sigue sucediendo lo mismo, le he preguntado a un amigo y me dice que toca formatearlo desde windows 98 en ms dos, y la verdad no tengo idea de como hacerlo, me gustaría saber que puedo hacer .
Agradezco su respuesta.