La verdad es que el mensaje original proponía varios programas más pero no sé porqué razón la página los ha eliminado. De todas formas me equivoqué porque tampoco son capaces de incluir el puntero. GreenShot finalmente si es capaz de mostrar el puntero al hacer la captura, (lo acabo de probar) ahora veremos la forma de hacerlo.
Con tu permiso, antes de abordar GreenShot, me gustaría proponer otro método alternativo, si bien es mas laborioso que capturar con GreenShot
Como no encontraba resultados buscando en Español, he Googleado en Inglés, "capture desktop mouse pointer", y creo que este video tutorial basado en el programa VLC te puede servir
http://www.youtube.com/watch?v=bI7EXRjvajc&hd=1
Se trata de realizar la captura mediante el programa VLC, un reproductor de video y audio, pero que también tiene la facultad de poder grabar videos y tomar capturas/fotogramas de estos tras la grabación, la idea del tutorial -si he comprendido bien- consiste en grabar el escritorio como video, y luego extraer capturas del video que incluirán el puntero del ratón.
En Macintosh también es posible hacerlo.
http://www.hongkiat.com/blog/include-pointer-in-screenshot/
Volviendo a GreenShot, una vez instalado (habrás comprobado que el programa se marca/activa en la barra de tareas, junto al reloj), realizar la captura es tan sencillo como pulsar dos teclas de forma simultánea, son; control/ctrl (la tecla control izquierdo), junto a "impr pant pet" (tecla clásica de imprimir pantalla), en ese momento se nos mostrará una especie de 'mirilla' en forma de cruz que se extiende abarcando toda la pantalla, ahora debemos moverla con el ratón para cubrir la zona de la pantalla que deseemos capturar (puede ser todo el escritorio), por ejemplo para capturar la mayor parte del mismo, dirigiremos la cruz hasta la esquina superior izquierda del escritorio, luego dejaremos pulsado el botón izquierdo del ratón, y sin soltarlo, moveremos la cruz con el ratón hacia abajo en diagonal, para así llegar a enmarcar todo el escritorio o el 95% del mismo, una vez englobado, soltamos el botón del ratón, (en ese momento se hace la aptura), ahora nos aparecerá un recuadro o ventana indicando distintas opciones, nos vamos a la primera, "Save as (displaying dialog)", ya por último aparecerá una ventana de directorio que nos pide otorgar una ubicación para guardar la captura realizada, le indicamos el sitio/carpeta que deseemos y ahí se guardará, por ejemplo yo la he guardado en el escritorio.
En verdad GreenShot lo conocía de pasada, pero desinocía que pudiera mantener el puntero en pantalla, y no se lo 'coma' como la mayoría de programas del estilo.