Perdona pero al no conocer exáctamente tu desarrollo no entiendo cual es el problema. Los subinformes en el fondo son objetos independientes contenidos en el informe principal. Por ello mantienen todas sus propiedades de acceso a datos, sus parámetros de consulta base si existe... SI se los proporcionas en el momento de la apertura (por código, tomándolos de algún formulario abierto o manualmente) ambos se presentarán como si los hubieses invocado individualmente, pero al estar en un único informe principal, podrás solicitar la impresión o generación del pdf de este informe principal que contiene en el fondo los dos subinformes. Además los subinformes (igual que los subformularios) se cargan y acceden a datos antes que el informe principal, por lo que incluyendo código en éste puedo modificar o hacer lo que se desee tanto con el informe principal como con los dos subinformes.
SI no te es suficiente con esta explicación necesitaría más detalles, o una copia parcial del archivo que incluya al menos lo necesario para ejecutar ambos informes por separado y algún registro de prueba.
Cordiales saludos.