Tu macro de búsqueda controla contenidos en 3 columnas: C, B y E con las líneas:
If LCase(Cells(i, 3).Value) Like "*" & LCase(Me.txtFiltro1.Value) & "*" Then
Si necesitas comparar también la col 1 debes agregar otro ElseIF y obtendrás resultados tal como se observa en la imagen,
Antes del End If colocá la nueva condición con el ElseIf LCase(Cells(i,1).Value) :
ElseIf LCase(Cells(i, 1).Value) Like "*" & LCase(Me.txtFiltro1.Value) & "*" Then
Me.ListBox1.AddItem Cells(i, 1)
Me.ListBox1.List(Me.ListBox1.ListCount - 1, 1) = Cells(i, 2)
End If
Ahora, como el Listbox te muestra la col empleados, al seleccionar un item de la lista debes guardar el dato de la 2da col en la variable xEmpleados, tal como te mencioné en mi 1er respuesta:
If Me.ListBox1.Selected(i) Then
xEmpleado = Me.ListBox1.List(i, 1)
End If
y en el botón de Eliminar se compara la 2da col:
If MsgBox("¿Seguro que quiere eliminar este Registro?", vbQuestion + vbYesNo) = vbYes Then
For fila = 2 To Final
If Hoja1.Cells(fila, 2) = xEmpleado Then
Nota: veo que utilizas un bucle para recorrer la lista. Aclara x favor si necesitas seleccionar y eliminar varios registros por vez.
Te envío el libro con los cambios.