Desconocía este supuesto, pero siempre viene bien tener incentivos para aprender.
La entrega de vinos entre bodegas está exenta por aplicación del art. 24. Uno. 1º e, ya que son operaciones vinculadas a un régimen de depósito distinto del aduanero.
Por su parte, el "Artículo 94. uno. 1º c viene a decir que originan derecho a la deducción, entre otras, las siguientes operaciones:
c) Las operaciones exentas en virtud de lo dispuesto en los artículos 21, 22, 23, 24 y 25 de esta Ley
Es decir, al igual que en otros supuestos (exportaciones, entregas intracomunitarias, inversiones del sujeto pasivo..), las entregas exentas por el articulo 24 no limitan el derecho a deducir, y por tanto no hay que aplicar prorrata. La deducibilidad es total.
Por cierto, estudiando el tema he visto en una consulta vinculante que para aplicar la exención no es relevante que la empresa destinataria tenga CAE. Te adjunto la dirección:
http://petete.meh.es/Scripts/know3.exe/tributos/CONSUVIN/texto.htm?Consulta=IVA&Pos=276