Dudas sobre el pago de baja por enfermedad y la mutua me quiere dar de alta

Hola! Gracias por vuestra ayuda de antemano. Mi problema es que llevo de baja por enfermedad común desde mayo 2014. Estuve trabajando en un restaurante, el primer mes más o menos bien, desempeñaba las funciones por las que me habían contratado. Después quisieron cargarme todo el trabajo y terminé mal. Fui al médico de cabecera, me dio la baja y me envió de urgencias al hospital, estoy operada de un cáncer de cérvix y lo que para mi fue peor, de una fistula en la vejiga urinaria complicada. La empresa me dio de baja el mismo día y desde entonces cobro de la mutua. He tenido otras complicaciones por eso sigo de baja.La mutua quiere darme el alta y el médico de cabecera no. Ahora no se que pasos seguir. En noviembre solicité que se me reconociera un grado de minusvalía que aún tienen que contestarme, ya me dijeron que tardan unos meses. Mirando información sobre las bajas, me ha creado la duda de si se me ha pagado bien. Después de los 6 primeros meses estoy cobrando menos, al revés de lo que veo. ¿Eso es correcto o depende de algo que desconozco?