Prueba esta dos alternativas:
En Windows: (comprobado en Windows 7 y 8)
Pasos previos:
1) Haz una copia de los marcadores "bookmarks.bak" archivo que podéis encontrar en Windows normalmente un directorio.
C:/Users/<tunombre>/AppData/Local/Google/Chrome/User Data/Default
1. Busca el archivo bookmarks. Bak. Clica botón derecho y luego en propiedades.
2. Mira la pestaña "Versiones anteriores". Busca la versión en la que tus marcadores estaban bien.
3. Clica en restaurar
4. Cierra chrome
5. Revisa ahora los marcadores, pues deberían estar.
Opción alternativa:
1. Ve al directorio de Marcadores:
Para los usuarios de Windows XP, id a: C:\Documents and Settings\Administrator\Local Settings\Application Data\Google\Chrome\User Data\Default
Para los usuarios de Windows Vista/7/8: C:\Users\Administrator\Local Settings\Application Data\Google\Chrome\User Data\Default
2. Crea un backup (copia) del archivo 'Bookmarks.bak".
3. Borra el archivo "Boomark" y renombra el archivo "Bookmarks.bak" original a "Bookmarks".
4. Tus antiguos marcadores deberían funcionar