Gastos deducibles de IRPF y tratamiento fiscal de alquiler de vivienda con destino de pernocta en diferente plaza

Al inicio de 2016 comienzo a trabajar como autónomo profesional en el sector IT. Como antecedentes diré que mi residencia y sede fiscal sería en Sevilla donde actualmente tengo mi vivienda habitual y por la que me deduzco del préstamo hipotecario y que tengo contratado por un año un servicio por un año en Madrid por lo que tendré que desplazarme periódicamente de lunes a jueves. La cuestión es que tengo pensado alquilar un piso en Madrid para realizar las pernoctas en vez de hoteles pues me resultan más económico y estos gastos de desplazamientos no están incluidos en el precio final pactado.

Me gustaría vuestra encontrar ayuda sobre como abordar este asunto en las siguientes cuestiones:

1. El alquiler de la vivienda en Madrid que sería mensual, se puede considerar íntegramente como deducible, ¿teniendo en cuenta que solo serían 3 noches a la semana?

2. En caso afirmativo:

2.1 Como deben ser justificados.

2.2 Deben llevar IVA y/o retenciones de IRPF.