No lo veo factible, lo suyo seria en vertical. Entiendo que quieres realizarlo con un sistema de tiro de ventilación natural y con 6m en horizontal me temo que con mucha facilidad te reboque el humo y la chimenea no te tire. En la ventilación natural el tiro está generado por dos factores climatológicos:
1. Temperatura: Cuando la diferencia de temperatura entre interior y exterior es suficientemente alta se produce un tiro natural porque el aire caliente, de menos densidad, tiende a subir hacia arriba. A mayor diferencia de temperatura, más tiro natural se genera.
2. Viento: Cuando el viento es suficientemente fuerte se genera una diferencia de presión
Entre la fachada y la boca de expulsión situada en cubierta que facilita el tiro natural.
Esto teniendolo en cuenta en tiros verticales. Por ejemplo, aunque no es tu caso y para que te hagas una idea, en ventilaciones con un sistema hibrido (natural-mecanico) el CTE exige que, para cumplir los caudales exigibles, si existe tramo horizontal no sea este mayor de 0,5m.
No quiero desanimarte pero bueno a lo que respecta a chimeneas de biomasa hay quien las instala con tramos de tubo en horizontal y les va bien, hecha un vistazo a este link.
http://www.solarweb.net/forosolar/general-biomasa/19161-salida-humos-horizontal.html
Por otro lado lo que no me queda claro es por que el tubo no puede pasar a través del vidrio, ¿por no cambiarlo? Por que desmontarlo y hacerle un hueco del tamaño y forma que se ajuste al tiro lo vemo mucho mas facil y por supuesto menos problemático que todo el tinglado que te estas planteando.