¿Esta correcta la forma de pago al proveedor?

Acerca de una duda, trabajo en una empresa y estoy buscando un local, la señora dueña del local lo renta en 1000, la empresa esta dispuesta a pagarlo, solo que la señora quiere que los 10000 le queden netos, o sea, que ella no quiere pagar el iva y los demás impuestos... La lic de la empresa me dijo que la factura debería quedar así:

P.U                         SUBTOTAL   IVA           ISRRET.      IVA.  RET               TOTAL 

$  10,489.51 $ 10,489.51 $   1,678.32 $   1,048.95 $   1,118.88 $      10,000.00
¿Esto es correcto? ¿La dueña del local no tendrá que pagar nada a hacienda y le quedaran íntegros sus 10000?, ¿Qué pasa con esos 489.51? Ya que el deposito que se le hará a la dueña en si no serán 10489.51 si no 10000,¿así debe ella expedir la factura? Por que en ciertas compras al hacerlas,¿tendrías qué depositar los 10000 más el iva que es el 16% y en estos casos no?