Si no pones más datos de lo que tienes instalado es dar palos de ciego. Necesito saber marca y modelo de todo el material instalado, pero aún así:
Si todo iba bien hasta desconectar y conectar el regulador, según el teorema de la navaja de ockham, "La explicación más simple y suficiente es la más probable, mas no necesariamente la verdadera" me centraré en el regulador.
1.- Si el regulador PWM es como estos: http://www.monsolar.com/fotovoltaica-aislada/reguladores-de-carga/reguladores-pwm.html?fabricante=11
Y está utilizando el algoritmo de carga SOC necesita varias cargas y descaras para acertar el % de carga de la batería. Aunque la batería esté cargada al 100% el SOC puede marcar algo incorrecto en las primeras cargas. El SOC se basa en la cuenta de amperios que entran y salen de la batería, si estás cargando a través del regulador y descargando la batería a través de un inversor, el SOC del regulador no cuenta los amperios de salida y funciona mal.
La solución es simple, modifica el algoritmo de carga a VOC. El VOC mide la tensión de la batería y no muestra un % de carga. Teniendo en cuenta que una batería estacionaria de 12V, se carga en bulk hasta los 14,4V y luego pasa a flotación a unos 13,4V.
Puedes leer mucho más sobre tensiones de baterías aquí: http://www.monsolar.com/bateria-estacionaria-hoppecke-6-opzs-600-12v-900ah-en-c100.html
2.- Si desconectas el regulador de la batería mientras los paneles solares están conectados puedes dañar el regulador, por lo tanto podría estar dañado.
En cualquier caso, para saber que pasa tienes que medir tensiones, no te fíes de los % de carga que te marcan los reguladores.
Si todavía necesitas más ayuda, pon marca y modelo de todo.
Sldos