Solicitar incapacidad permanente estando de baja

Vivimos en Madrid, a mi madre le han diagnosticado lupus eritimatoso sistémico, ahora mismo lleva de baja 2 meses y medio mas o menos. La medico de cabecera nos ha recomendado que solicitemos la incapacidad permanente. Quisiera saber si es necesario el alta por propuesta del medico para solicitar la incapacidad o podemos hacerlo sin necesidad del alta. Por otro lado mi madre esta cobrando un susbsidio de la mutua que es su único ingreso, ¿le quitarían el subsidio?, ¿Y si la empleadora la despide? Al no estar cotizando se podría solicitar la incapacidad igualmente. En la seguridad social nos han dicho que mi madre si puede solicitar la incapacidad porque si cubre los años que tiene cotizados. Mi madre trabaja como empleada de hogar. Por otro lado mi madre solo tiene cotizados 12 años, por consiguiente no tiene derecho a la jubilación, ¿si le llegaran a despedir se podría hacer un convenio con tesorería mientras se solicita la incapacidad?

¿Cuál cree que le convendría mas a mi madre económicamente si hacer el convenio con tesorería o solicitar la incapacidad? ¿Tendría qué seguir cotizando en el caso de que le dieran la incapacidad para poder jubilarse?

Me seria de mucha ayuda porque no sabemos que hacer ahora mismo.