Cómo debo facturar al ayuntamiento siendo autónomo?

Tengo una tienda de electrónica y estoy como autónomo. Aparte de venderle al ayuntamiento unos ordenadores me piden que les programe otros que tienen ellos.

Mi pregunta es: ¿Cómo se puede facturar esos trabajos?. Porque en la venta de los ordenadores le he confeccionado una factura con IVA, pero con el trabajo para el ayuntamiento no sé si es diferente.