Se deben borrar del anti-malware los registros de aplicación

Lo recomendable es que sí. El programa te los muestra en una lista en caso de que haya detectado algún falso malware u otros archivos que tu consideres que no lo son.
Ejemplo, a mi me gusta crear instaladores personalizados, pero como tengo que configurar un código en el que permita instalar parches y/o cracks que violan la seguridad de un programa, los anti-malwares lo detectan como tal, aunque no sea peligroso para la computadora.
Entonces lo que te ofrecen es revisar si alguno de los archivos detectados es importante o no es un malware y lo dejan a tu elección. Aunque estando en cuarentena ya no pueden perjudicar tu equipo, puedes borrarlos si así lo deseas, lo cual es lo más recomendable.