¿Por qué mi carro solo enciende con 2 baterías?

Tuve un problema hace poco tiempo, se paro la caja de mi carro jeep Wagoneer sincrónica la caja es de mustang, cuando se detuvo paro la transmisión lo que hizo que se rompiera, pero el motor no sufrió daño porque enseguida volvió a prender, pasados los días arregle la caja y la transmisión quedaron bien, al parecer el golpe ocasiono que la cadena de tiempo del motor se estirará, compre una nueva, se la instale todo bien, pero, ahora resulta que el carro no me prende con una sola batería, sino con dos es decir 1200+1200, no importa el amp de la batería enciende solo con dos, lo cual me resulta incomodo, porque no puedo andar con dos baterías, si alguien sabe ¿por qué enciende con dos baterías?, y como hacer para solucionarlo y que encienda solo con una como es normal, por favor háganmelo saber. Falla de compresión de motor no es, por cierto el motor es de cherokee 4.0 6 cilindros. Alguna ayuda para solucionar la falla se le agradece.