Se puede sacar el NIE con la solicitud de pareja de hecho ? Tengo derecho a estar dado de alta en la seguridad social ?

Mi pareja es Brasileña lleva en España desde el 2005 sacó el NIE por su padre que tiene doble nacionalidad Brasileña/ Española . En el 2015 empezó a trabajar en una panadería, en Abril del 2016 caducó su NIE nos dimos cuenta en el momento en el que nos fuimos a vivir juntos, intentó renovarlo por arraigo presentando documentación (desde el 2005 asta el 20017 con oferta de trabajo incluida )y se lo denegaron por no justificar 1 año y medio en el país ya que estuvo a cargo de su hermano . Nos enteramos de que haciéndonos pareja de hecho el podría conseguirlo, hace un mes nos hicimos pareja de echo entregamos toda la documentación en la oficina de extranjeros ( Oferta de trabajo, fotocopia de la tarjeta sanitaria y solicitud de pareja de hecho ) En menos de 10 días recibimos una carta de la subdelegación del gobierno diciendo que teníamos que presentar ( certificado de pareja de hecho, disposición de recursos económicos y documento acreditativo del derecho a la asistencia pública . Nos dieron 10 días para responder .Respondimos en plazo con la oferta de trabajo, documento del derecho a la asistencia pública y la solicitud de pareja de hecho . La señora que nos atendió la primera vez nos dijo que con la solicitud llegaba y que el tendría derecho a estar dado de alta en la seguridad social y seguir trabajando, pero de esta vez nos atendió otra y nos dijo que nos lo iban a denegar por no entregar el certificado de pareja de hecho, nosotros le explicamos que tarda mínimo 3 meses en llegarnos, ella nos dijo que enviara la documentación y que ya nos contestarían.

Mi pregunta es ; ¿Es necesario el certificado? ¿De verdad no sirve la solicitud? ¿Con esta es la tercera vez que se entrega una oferta de trabajo y a mi pareja se le esta negando el derecho de trabajar . Podemos hacer algo en caso de que nos pidan el certificado?