¿Por qué me ha bajado flujo marrón por más de dos semanas?

Tomo pastillas anticonceptivas Yaz Flex (motivo principal para disminuir los granitos de la espalda, tema que ya esta controlado, ya que llevo como más de 9 meses tomando); el tema es que para que me llegara la regla tenia que dejar de tomarla después de 25 a 120 días ( a elección); esta vez llevo como 45 días tomándolas, pero desde hace dos semanas que me ha bajado flujo marrón y todavía no me llega la regla porque supongo que tengo que descansar los 4 días para que me llegue; Y tuve relaciones con mi novio, sin preservativo y el acabo adentro y afuera; pero nunca me tomo la pastilla a la misma hora; aveces una hora antes o dos horas después, pero nunca la je dejado de tomar. ¿Podría quedar embarazada? Que relevancia tiene el flujo marrón en este caso, ¿aumenta la probabilidad de embarazo? O Porque me ha bajado durante tantos días (siendo que no he tenido relaciones), ¿sera hormonal?