Bien... historias animadas nunca me dedique, pero a escribir cuentos si!... Así que pienso que algunos consejos te pueden ser útiles:
Piensa la historia primero... completa. Imagina incluso EL FINAL: Porque ciertas circunstancias del final podrán manejarse desde el principio: Por ejemplo si es algo de intriga, dejar al principio "alguna pista" para atraer la atención del lector... o que llegado al final el lector diga "Claro!, como no me di cuenta si en la primera página casi me lo decía!"... y esas cosas gustan.
Lo siguiente: Cualquier historia, corta o larga, debe estar dividida en tres partes:
Introducción: Donde se empieza a contar la trama y se dan datos para "ubicar al lector". Si no ubicas al lector, este podría desorientarse y aburrirse: Tiene que saber medianamente (o a veces alcanza con que solo pueda sospecharlo!) Algo en el principio: quien es el personaje, o el lugar, o la época.
Desarrollo: Es la "parte central" de la historia, donde se cuenta lo que uno desea contar
Desenlace: Es el "cierre final": donde se produce el desenlace que cierra la historia.
No es necesario que esas etapas estén claramente demarcadas... solo que deben existir, y se podrán superponer más o menos, de acuerdo a la habilidad del que escribe o cuenta la historia.
Incluso, el desenlace puede ser abierto: Para que lo interprete el lector... o para una continuación, pero debe quedarle claro a quien lee que "no esta interrumpida arbitrariamente", sino que si no se cierra, se deben dar los datos para que el lector lo haga por si mismo en su cabeza.
Bueno... después hay docenas de cosas más a tener en cuenta: desde la asociación de imágenes, donde una puerta no siempre es "una puerta" sino que puede ser "una visión al futuro", al color claro u oscuro de los desarrollos (Fíjate que Superman siempre es claro y se desarrolla de día... y Batman es todo oscuro y se desarrolla de noche: dos formas contrapuestas).
Y por ultimo... estar dispuesto a corregir!. O sea que si llegado al final lo vuelves a mirar y algo no te convence... a cambiarlo o a empezar de nuevo!