Ambos sistemas usan un principio parecido la diferencia es de donde sacan la energía para transferir el calor, la aerotermia es una bomba de calor que extrae la energía para transformar el líquido termodinámico en gas del aire ambiente lo que supone una desventaja ya que en climas extremos pierde eficacia a bajas temperaturas siendo necesario incluso tirar de su sistema auxiliar de resistencias, esto se lo ahorra uno con el sistema de geotérmico ya que la temperatura suele ser más estable a lo largo del año aunque también cuenta con sistemas auxiliares de resistencias. Con ambos existe la posibilidad de usar el sistema para calentar el agua de la ducha ACS, y existe la posibilidad de enfriar con el sistema. También existen multitud de maneras de aprovechar el calor producido mediante suelo radiante, fancoil, radiadores de baja temperatura.
Así que la respuesta de elegir uno u otro es que pidas presupuesto y que veas que sistema te conviene más, ya que depende de tus circunstancias concretas el sistema geotérmico podría salir más caro y automáticamente descartas esa opción.
Eso si no recomiendo ninguno de estos sistemas si tu casa no tiene un alto nivel de aislamiento ya que sería tirar el dinero (no lo digo por ti ya que has dicho que tienes la casa bien aislada, lo digo por los que puedan leer esto en un futuro)