No se porque deseas "eliminarla", pero según se, no es muy buena idea, porque allí Windows guarda informaciones importantes, como los datos de "Restauración del Sistema", y si la borras y alguna vez se te bloquea con alguna actualización, no podrás restaurar más, y tendrás que formatear y volver a cargar Windows. También guarda allí las copias de seguridad y el indice del HDD, lo que al perderlo te puede complicar la vida a la hora de buscar información.
Creo que lo menos que debía hacer, era advertirte de los problemas que te puede acarrear el borrado de ese archivo