Si estuviéramos en un ambiente de sistema ERP como SAP u otro parecido, diríamos que lo que tienes son datos transaccionales... en donde por ejemplo un campo es el código de Institución, y obviamente una sola institución participa en muchas transacciones... Si la institución fuera un cliente, es de suponer que te compra más de una vez...
Si tienes tablas diferentes, que tienen este tipo de datos, no hay como relacionarlas directamente entre ellas, pues en realidad no hay relación directa entre ellas. Lo que si debería haber es una relación de ellas con una Tabla de Datos Maestro... siguiendo el ejemplo, sería su tabla de instituciones, o clientes... en donde cada uno si figura una sola vez... y allí tendrías todos los datos adicionales de un cliente, que no almacenas en una tabla transaccional.
Por ejemplo en la tabla de clientes si guardas datos como dirección, código de identificación, persona de contacto, etc... pero obviamente una sola vez. En la tabla transaccional cada vez que aparezca el cliente bastaría con grabar el código de identificación, pues con eso tendrías (a través de la tabla maestra) acceso a lo demás datos.
Esa tabla maestra si la relacionas con la tabla transaccional. Por lo que comentas, no mencionas tener este tipo de tablas... y necesitas crearlas...
Ahora si te das cuenta... todas tus tablas con datos de varias gestiones, son tablas hermanas entre si, todas relacionadas a la tabla madre que es aquella del padrón de clientes, instituciones, etc...
Las relaciones debes crearlas, de cada una de las tablas hermanas con la tabla madre.
Si tu decides COMBINAR los datos de todas las tablas para UNIRLOS y poder ver todo junto... además de la relación con esos datos maestros, lo que deberías generar es una consulta de UNION o anexos en donde las tablas se "SUMEN", una debajo de la otra... resultando en una sola tabla donde estén todos los registros juntos. La ventaja de usar PowerPivot, es que los datos que generes no necesitan estar en una hoja (además que Excel y sus 1048576 filas no alcanzan... Esta consulta que anexa tablas debe ser generada solo como una conexión, que como la vas a agregar al modelo de datos podrá servirte como fuente de tu tabla en PowerPivor.
Por ultimo me había olvidado recomendarte un método para generar las tablas maestras (si es que no existen ya, y las quieres generar de las tablas con datos que tienes), podrías seleccionar los campos que corresponden a los datos de clientes de cada tabla, quitar duplicados y luego unirlos.