En mi opinión la evaluación de desempeño lo debe hacer en primer lugar uno mismo, de modo de realizar una auto-crítica de uno mismo, esto con el fin de analizarse y conocerse mejor.
Por otro lado debe de haber una persona externa que desde un punto de vista imparcial y objetivo juzgue nuestro trabajo. Sin embargo esta persona debe conocer muy bien nuestro trabajo.
En caso de quien evalúa es el superior inmediato (que es lo más usual) no es tan imparcial, ya que dicha persona evaluará según lo que él considera que realmente sucedió y como lo quiere mostrar a sus superiores, ya que un mal desempeño de sus subalternos puede verse visto como que él tiene falta de liderazgo, no sabe establecer objetivos, no sabe comunicar bien, etc. Por otro lado un buen desempeño podría ser considerado que esta bien pero que solo cumple con su trabajo.
En caso lo realice un colega, tendría que ser del mismo modo imparcial, es decir que no tenga nada que ganar ni nada que perder con los resultados de dicha evaluación.
Cada empresa tendrá su propia política para establecer objetivos, indicadores y formas de medir el cumplimiento y desempeño de sus trabajadores, siendo el Gerente General en conjunto con el Gerente de Personal quienes mejor deben conocer el tema y establecer el procedimiento adecuado.
Para profundizar en el tema puedo sugerir un curso o diplomado en dirección de recursos humanos, así también el libro "Dirección estratégica de RR.HH." de Martha Alles.