¿Me perjudica tener ingresado un dinero que no e es mio?

Sí, debería de ponerse en una cuenta de su hermana, dado que su volumen de entradas de dinero en el banco estará distorsionado sobre la realidad, y ese dato lo dispone la AEAT de la información que le suministran los bancos. Es más incluso Hacienda podría considerar que le ha "regalado" o bien "donado" ese importe su hermana a usted.

Hay la solución de poner la cuenta a nombre de los dos.