¿Saldré perjudicada si me voy de la empresa y luego se demuestra que mi enfermedad es a causa del trabajo desempeñado?

Hace 6 meses que trabajo en una empresa que se dedica a manipulación de artículos de venta para exportación. Hace 1 mes que me ha empezado a salir capsulitis en las manos, primero un solo dedo con 2 semanas de baja por la SS y después de 1 semana trabajando me salio en 3 dedos más, pedí mutua y no me la dieron porque decían que no era enfermedad laboral. Por SS aconsejan valoración por la mutua, la cual determina a través de una sola radiografía de las manos que es una enfermedad reumática y que, cito textualmente, "ya tendría que tener de antes de entrar a trabajar", con lo que me voy a mi medico de la SS y me manda pruebas de sangre para ver si esto es cierto. Ahora me encuentro en estado de baja de nuevo por la SS y en espera de esas pruebas. La empresa me incita a que yo deje el trabajo voluntariamente con un acuerdo de arreglarme los papeles para cobrar el paro, lo cual no me parece tan descabellado teniendo en cuenta que llevo 6 meses con un contrato por obra y servicio y por despido no me pertenece mucho dinero, o al menos eso creo y que alguien me corrija si me equivoco.
Mi pregunta es, si yo dejo el trabajo y luego resulta que la enfermedad es causada por el trabajo desempeñado realmente, ¿esto me va a perjudicar a la hora de pedirles una indemnización? Porque esta situación en la que estoy trabajando una semana y luego 2 de baja es insostenible sobre todo por la parte económica ya que cobrare solo una parte de mi sueldo mientras esto siga así.
Les agradezco el tiempo dedicado y espero impaciente su respuesta.